Theo báo cáo thanh tra, các dự án được UBND tỉnh Quảng Nam giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng các dự án sản xuất kinh doanh dịch vụ trên địa bàn huyện Thăng Bình, Duy Xuyên, thị xã Điện Bàn và thành phố Hội An, nhìn chung hồ sơ pháp lý của các dự án đảm bảo về trình tự thủ tục, hồ sơ pháp lý được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định phê duyệt, cấp phép. Đối với các dự án được giao đất có thu tiền sử dụng đất, về cơ bản các doanh nghiệp đã nộp đầy đủ tiền sử dụng đất vào ngân sách nhà nước theo thông cáo của cơ quan Thuế.

Tuy nhiên, hầu hết các dự án được kiểm tra đều không đảm bảo tiến độ đầu tư theo giấy chứng nhận đầu tư và cam kết tiến độ thực hiện dự án của chủ đầu tư với UBND tỉnh Quảng Nam. Sau khi UBND tỉnh Quảng Nam quyết định giao đất, cho thuê đất và cấp giấy chứng nhận đầu tư, công tác thanh tra, kiểm tra của các cấp chính quyền ở địa phương và các cơ quan chức năng có thẩm quyền chưa được quan tâm, không phát hiện và xử lý hoặc kiến nghị xử lý đối với những biểu hiện vi phạm trong việc sử dụng đất, chấp hành nghĩa vụ tài chính về đất đai. Kết quả thanh tra, một số dự án có biểu hiện vi phạm pháp luật đất đai như sử dụng đất không đúng mục đích, không thực hiện nghĩa vụ tài chính... nhưng không có văn bản, quyết định xử lý vi phạm hành chính của các cơ quan Nhà nước có thẩm quyền.

Các dự án ven biển ở thị xã Điện Bàn đều gặp khó khăn trong công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng va tái định cư, các chủ đầu tư đã lấy lý do này để biện minh cho lý do chậm triển khai dự án đầu tư.

Chưa có sự phối hợp tốt giữa chủ đầu tư các dự án với đơn vị thực hiện công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng, tái định cư và UBND các cấp đã ảnh hưởng đến tiến độ giải phóng mặt bằng, những điều chỉnh về cơ chế chính sách của Nhà nước cùng với sự tác động của cơ chế thị trường, các dự án bị kéo dài thời gian thực hiện công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng ngày càng trở nên khó khăn hơn trong việc thực hiện bồi thường, hỗ trợ tái định cư

Một số dự án được nhà nước cho thuê đất trả tiền hàng năm, do thực hiện giải phóng mặt bằng chậm, hoặc giải phóng mặt bằng không hoàn thành dứt điểm, Sở TN&MT không thể ký biên bản bàn giao đất trên thực địa với chủ đầu tư nên không đủ hồ sơ thủ tục theo quy định để Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất tỉnh và cơ quan thuế xác định nghĩa vụ tài chính và ra thông báo thu tiền sử dụng đất gây thất thu cho ngân sách nhà nước. Đơn cử như không có biên bản giao tiền sử dụng đất trên thực địa, nhà nước không thu được tiền thuê đất của Công ty TNHH Indochina Hội An Beach Villas thuê đất để xây dựng dự án Khu nghỉ mát và dịch vụ du lịch Malibu.

Trên địa bàn huyện Duy Xuyên, tiến hành thanh tra 03 dự án thì  các doanh nghiệp đều vi phạm việc thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai. Đối với Công ty TNHH hồ mắc dệt Nam Trung và Công ty TNHH Dệt Khánh Sơn đang sử dụng trong hoạt động sản xuất kinh doanh không có hồ sơ pháp lý về thu hồi đất, cho thuê đất nên không xác định được nghĩa vụ tài chính phải nộp cho ngân sách. Đối với Công ty TNHH Chế biến Mây – Tre – Gỗ Nam Phước đến thời điểm thanh tra công ty còn nợ tiền thuê đất đối với nhà nước trên 87 triệu đồng.